Habsburg Ottó és családja a trónörökös születésétől haláláig szoros kapcsolatban állt a katolikus egyházfőkkel. IV. Károly elhunytakor XI. Piusz pápa külön áldását küldte, és részvétét fejezte ki. A 99 évet élt egykori trónörökös élete során kilenc pápa követte egymást Szent Péter trónján.
A római katolikus egyházfőkhöz sok esetben személyes kapcsolat fűzte Habsburg Ottót. Tizenegy éves korában, 1923. augusztus 24-én a spanyolországi Lequeitoban bérmálkozott, bérmaapja XI. Piusz pápa őszentsége volt, aki a toledói érsek révén képviseltette magát. 1951-ben, a franciaországi Nancy-ban zajlott esküvőjére XII. Piusz pápa külön szentatyai áldást küldött, és az ifjú párt később személyesen is fogadta a Vatikánban. Utódja, XXIII. János pápa szintén audienciát adott Habsburg Ottó és felesége, szász-meiningeni Regina hercegnő részére Rómában. A II. világháború utáni időszakban az egykori trónörökös leginkább Magyary Gyula prelátusra támaszkodott, hogy üzeneteit, leveleit eljuttassa a mindenkori pápához.
XII. Piusz
XXIII. János
Szent II. János Pál
Szent Péter utódai között legszorosabb kapcsolatot Szent II. János Pál és XVI. Benedek pápával alakított ki. Az egykori krakkói érsek, akit 1978-ban választottak meg a római katolikus egyház fejévé, különösen közel állt Habsburg Ottóhoz, hiszen a lengyel főpap szeretett édesapja, IV. Károly iránti tiszteletből kapta a Karol, vagyis Károly nevet. Az egykori trónörökös számára kiemelkedő fontossággal bírt, hogy Szent II. János Pál pápa 2004-ben boldoggá avatta IV. Károlyt. A Habsburg Ottó Alapítványban őrzött hagyaték számtalan olyan levelet, cikket és képet őriz, amelyek értékes lenyomatát adják ennek a szoros kapcsolatnak. A gyűjteményben található dokumentumok között található például Ottónak 1991-ben, Szent II. János Pál pápa magyarországi látogatása után írt köszönőlevele, amit Seregély István egri érseknek küldött. Ezt alább közöljük. A nálunk őrzött hagyatékból alaposabban eddig csak a XVI. Benedek pápával fennálló kapcsolatát mutattuk be, de gyűjteményünk rendezésének előrehaladtával bizonyára további relációk mélyebb feldolgozására is lehetőség nyílik.
Seregély István 1991